Keberadaan SMA Muhammadiyah 1 Kota Magelang saat ini tidak bisa dilepaskan dari peran beberapa tokoh yang pada awalnya merupakan pelopor berdirinya sekolah. Tokoh-tokoh tersebut antara lain H. Abu Ubaidah,B.A., Sardjono,B.A., Mufti HS,B.A., Sugeng HS,B.A., SP Darminto, IhSAN S.H., Suyono B.A.,. Mereka berpandangan bahwa perlu dilakukan upaya untuk meneruskan perjuangan yang dilakukan oleh K.H.Ahmad Dahlan khususnya dalam bidang pendidikan. Selain itu juga sebagai salah satu upaya untuk mencerdaskan kehidupan bangsa baik dalam hal kecerdasan intelektual maupun spritual. Dengan latar belakang tersebut, disepakati bahwa keberadaaan Persyarikatan Muhammadiyah harus memberikan kontribusi terhadap kemajuan duni apendidikan di Kota Magelang salah satunya dengan mendirikan lembaga pendidikan formal yakni SMA.
Akhirnya dengan surat izin tertanggal 6 Desember 1975 yang ditandatangani oleh Hartono HS selaku Kasubid Kurikulum Pendidikan Menengah Umum (PMU) Departemen Pendidikan Kebudayaan Kantor Wilayah Provinsi Jawa Tengah mulai diizinkan untuk menerima siswa kelas 1.
Surat izin tersebut dikuatkan dengan memo dari Bapak Hartono HS tertanggal 4 Januari 1977 untuk beberapa Kepala SMA Negeri di Magelang yang isinya tentang restu berdirinya SMA Muhammadiyah Magelang. Kemudian dengan SK dari Pimpinan Daerah Muhammadiyah Majelis Pendidikan dan Pengajaran Daerah Kota Madya Magelang Nomor E-2/101/1976 (saat ini namanya telah berubah menjadi Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah) yang menjelaskan bahwa tanggal 8 Januari 1976 sebagai waktu berdirinya SMA Muhammadiyah 1 Kota Magelang yang diperingati sebagai milad sekolah.
Empat Kepala Sekolah tercatat telah memimpin sekolah ini yakni pertama dimulai H.Abu Ubaidah, B.A. mulai tahun 1976 – 1977. Kedua DRS.H.M. Ali Imron, B.A. tahun 1997-2005. Ketiga Dra.Hj. Sri Sugiyarningsih, M.Pd tahun 2005-2012, kemudian H.Suratno, S.E, M.Pd 2012- 2019. Dan kini dipimpin oleh Ibu Icuk Salabiyati, S.S 2019- sekarang
SMA Muhammadiyah 1 Alternatif (SMA Mutual) merupakan transformasi dari SMA Muhammadiyah 1 yang telah berdiri sejak 1976 tersebut. SMA dengan pondok pesantren modern Muhammadiyah ini merupakan yang pertama di Kota Magelang. Letak pondok pesantren tersebut dibawah managemen Muhammadiyah Boarding School (MBS) menyatu dengan sekolah. Dan diharapkan menjadi pencetak kader cendikia Islami dan unggul serta bermanfaat bagi ummat.