SMA Mutual Magelang memiliki sarana dan prasarana yang digunakan untuk mendukung kegiatan dan pembelajaran yang meliputi :
- Ruang Kelas Modern
- Lab Kimia
- Lab Fisika
- Lab Biologi
- Lab Bahasa
- Lab Agama
- Lab Musik
- Lab Karawitan dan Angklung
- Lab Komputer dan Internet
- Perpustakaan dan Ruang Baca
- Ruang Konseling dan UKS
- Ruang Organisasi Siswa
- Lapangan Olahraga
- Hotspot Area
- Poliklinik Terpadu
- Kantin
