SMA Mutual Magelang dilengkapi dengan kegiatan ekstrakulikuler untuk mengembangkan minat dan bakat dalam diri siswa. Kegiatan ekstrakulikuler tersebut meliputi :
FUTSAL
Futsal bertujuan melatih dan mengarahkan minat siswa dalam bidang olahraga
Paduan Suara dan Angklung
Ekstrakulikuler paduan suara dan angklung digunakan untuk melatih kemampuan siswa dalam bidang suara dengan memadukan alat musik berupa angklung
English Conversation Club
Di dalam ektrakulikuler ini diharapkan siswa mampu berbicara dengan menggunakan bahasa inggris
Beladiri Tapak Suci
Kegiatan ektrakulikuler beladiri tapak suci bertujuan untuk mengajarkan siswa dalam bidang pecak silat yang sesuai dengan ajaran agama Islam
Tata Boga
Tata Boga bertujuan untuk melatih siswa dalam pengolahan makanan dan memberikan pembekalan dalam life skill
Karya Ilmiah Remaja (KIR)
Kegiatan ektrakulikuler KIR dilakukan untuk menghasilkan karya ilmiah. Tujuan dari ektrakulikuler ini untuk mengembangkan sikap ilmiah dan menumbuhkan keterampilan dalam bidang fisika, kimia dan biologi
Musik dan Band
Ektrakulikuler musik dan band bertujuan untuk mengembangkan kreasi dalam bidang seni musik dan mengasah kemampuan daya cipta seni khususnya musik
Tilawah
Kegiatan ektrakulikuler tilawah bertujuan untuk mengembangkan bakat dan kemampuan siswa dalam melantunkan ayat suci Al-Qur’an dengan benar dan indah
Karawitan
Ektrakulikuler karawitan dilakukan agar siswa dapat melestarikan dan mencintai kesenian tradisional. Kegiatan ini bertujuan untuk menampung minat dan bakat siswa pada kesenian tradisional
Tari
Kegiatan ekstrakulikuler tari bertujuan untuk melestarikan tari tradisional dan mengembangkan potensi siswa dalam bidang seni tari